1、意思不同

GDP代表国内生产总值，GFP代表绿色萤光蛋白。

2、作用不同

国内生产总值（GDP）指按市场价格计算的一个国家(或地区)所有常住单位在一定时期内生产活动的最终成果，常被公认为衡量国家经济状况的最佳指标。

绿色荧光蛋白，是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色萤光。虽然许多其他海洋生物也有类似的绿色荧光蛋白，但传统上，绿色荧光蛋白（GFP）指首先从维多利亚多管发光水母中分离的蛋白质。

3、性质不同

国内生产总值（GDP）指按市场价格计算的一个国家(或地区)所有常住单位在一定时期内生产活动的最终成果，常被公认为衡量国家经济状况的最佳指标。绿色萤光蛋白(Green fluorescent protein，简称GFP)，是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质。

参考资料来源：百度百科 国内生产总值

参考资料来源：百度百科 绿色荧光蛋白