1。从级别上说，区，县，县级市在同一个地级市的管辖下级别是一样的，根据地级市的级别不同，有县处级、副厅级、厅级的区别，但同一个地级市域内是一样的。
2。区、县的主要区别主要在于作为一级政府的事权和财权的不同。县是我国最典型的基层人民政府，具有全部人权、事权、财权。可以说除了军事和外交外，县政府拥有和国务院一样的全力范围。独立财政、税务系统，按照一定比例分税，可以自由决定城市规划建设和人事任命。
区相比于县缺少了财权，城市规划受市控制，比如区没有公安局，没有税务局，没有国土局，没有规划局，这些工作都由市代为管理。
这里可以举个例子。比如被称为地方政府的摇钱树的规划用地权。区政府由于没有规划和国土资源使用权，一般不允许进行土地的出让和招牌挂，县政府则可以进行土地出让和招牌挂，但是在权限上变更土地的使用权仅限于3亩以内的集体用地。而县级市政府则可以有更多的出让土地权利。
再如，收税问题。区里的税务系统分国税和地税。国税是有国家税务总局垂直领导，不受地方政府干涉，包括人，财，物。地税则由所在市的市地税局代管，在区里设地税分局。理论上讲地税分局就是市地税局的一只手，收到了税金就直接交到是国库中，在由政府编写预算，人大通过后把一部分钱再分配给区，这样区财政局就有了钱，区政府就可以发工资就可以搞建设了。县的国税和区一样，有区别的是地税。区地税属于县里的职能部门，收到钱后交到县级国库，由县政府自由支配（当然也需要人大通过预算）。
再有就是城市规划。国家需要分级制定城市和乡镇发展规划。区一般里市政府驻地较近，区里的城市规划则由市政府进行。区里虽然也被派驻规划分局，但并不履行规划部门的当然职能，区里想规划建设一座高楼或一个公园，需要通过是规划局立项，经市政府同意后由市财政部门拨款建设。而县的规划局是县政府的职能部门，理论上县里想建什么就建什么，只需要报市规划部门备案就是了。
县级市是经济体量较大的县，具有更为自由的财税和规划建设自由。

法律依据：
《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》
第九条地方各级人民政府行政机构的设立、撤销、合并或者变更规格、名称，由本级人民政府提出方案，经上一级人民政府机构编制管理机关审核后，报上一级人民政府批准；其中，县级以上地方各级人民政府行政机构的设立、撤销或者合并，还应当依法报本级人民代表大会常务委员会备案。
第十条地方各级人民政府行政机构职责相同或者相近的，原则上由一个行政机构承担。行政机构之间对职责划分有异议的，应当主动协商解决。协商一致的，报本级人民政府机构编制管理机关备案；协商不一致的，应当提请本级人民政府机构编制管理机关提出协调意见，由机构编制管理机关报本级人民政府决定。
第十一条地方各级人民政府设立议事协调机构，应当严格控制；可以交由现有机构承担职能的或者由现有机构进行协调可以解决问题的，不另设立议事协调机构。为办理一定时期内某项特定工作设立的议事协调机构，应当明确规定其撤销的条件和期限。
第十二条县级以上地方各级人民政府的议事协调机构不单独设立办事机构，具体工作由有关的行政机构承担。
第十三条地方各级人民政府行政机构根据工作需要和精干的原则，设立必要的内设机构。县级以上地方各级人民政府行政机构的内设机构的设立、撤销、合并或者变更规格、名称，由该行政机构报本级人民政府机构编制管理机关审批。