保存苦瓜的环境有一定的要求，最好是干燥、不过于湿润的地方，这样可以使苦瓜的味道不容易丧失，营养成分保留更持久。

选择表皮完整、无病虫害、七八分熟的苦瓜。在同样环境中保存时间长一点。

苦瓜放入温度12～13℃，相对湿度85%左右的冷库内保存，可保存较长时间。

夏、秋间选取青绿色鲜苦瓜，切成约1厘米厚片块，晒干，就可以做成苦瓜干。苦瓜干可以入药，具有消暑清热，解毒，健胃等功效，能够治疗中暑，痢疾，目赤疼痛等病症。

苦瓜轻微煮熟以后再放进冷冻保存，保存时间大概是可以保存半年左右，但是在煮熟苦瓜时候需要注意，实际上只需要在沸水中煮0.5分钟到1分钟就可以了，不用煮太熟。

用保鲜袋把苦瓜包装好，这样可以减少苦瓜表面水分的散失，让苦瓜保存的时间更久一些。